南阳出入境检验检疫局是主管南阳辖区内出入境卫生检疫、动植物检疫、商品检验、鉴定、认证和监督管理的行政执法机构。主要办事程序：

　　 一、进出口商品检验

　　 依法对列入《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出境商品目录》的进出口商品和其他法律、法规规定须经检验的进出口商品实施检验，规定进口商品应检验未检验的，不准销售、使用；出口商品未经检验合格的不准出口，进出口商品检验包括品质检验、安全、卫生、数量鉴定、重量鉴定等。

　　 二、动植物检疫

　　 依法实施植物检疫，包括：进境、出境、过境的动植物、动植物产品和其他检疫物；装卸动植物、动植物产品和其他检疫物的容器、包装物、铺垫材料，来自疫区的运输工具；有关法律、行政法规、国际条约规定或者贸易合同约定应当实施检疫的其他货物、物品。

　　 三、卫生检疫与处理

　　 统一负责对入出境的人员、交通工具、集装箱、行李、货物、邮包等实施医学检查和卫生检查。

　　 四、食品卫生监督检验

　　 进口食品（包括饮料、酒类、糖类）、食品添加剂、食品容器、包装材料、食品用工具及设备必须符合我国有关法律法规规定。申请人须向检验检疫机构申报并接受卫生监督检验。检验合格的，方准进口。

　　 一切出口食品（包括各种供人食用、饮用的成品和原料以及按照传统习惯加入药物的食品）必须经过检验、未经检验或检验不合格的不准出口。

　　 五、外商投资财产鉴定

　　 检验检疫机构凭财产关系人或代理人及经济利益有关各方面的申请或司法、仲裁、验资等机构的指定或委托，办理外商投资财产的鉴定工作。外商投资财产鉴定包括价值鉴定、损失鉴定、品种、质量、数量鉴定等。

　　 六、一般原产地证与普惠制产地证签证管理

　　 出入境检验检疫机构是签发一般原产地证的官方机构，同时也是我国政府授权签发的普惠制产地证的唯一机构。我国出口受惠商品出口到法国、英国、爱尔兰等给惠国时，可以享受减免进口关税的优惠待遇，出口单位可向南阳出入境检验检疫局申请办理普惠制产地证和一般原产地证。

　　 七、质量论证和质量体系论证

　　 检验检疫机构可以为出口企业及其产品办理质量论证以及IS09000质量体系认证。